Le premier orgue de la cathédrale (1488) se trouvait au-dessus des deux portes de la sacristie. Monseigneur de Beauvau fit construire une arche au dessus de la porte Ouest pour recevoir un nouveau buffet dans lequel sera intégré une partie de l'instrument précédent. Il sera plusieurs fois réparé au cours des deux grands siècles.

A la veille de la Révolution, sa composition était celle des grands instruments de l’époque classique : vraisemblablement celle que nous relevons sur la console actuelle, après la grande restauration par le facteur GONZALÉS en 1937, exception faite des jeux harmoniques qui furent une des créations de CAVAILLÉ-COLL au XIX ème siècle..

En 1793, la cathédrale de BAYONNE devient magasin à fourrage et l’orgue se délabre peu à peu.

En 1865 le grand orgue est restauré et peut convenablement faire son office. La partie instrumentale est refaite, dans son ensemble, par MERKLIN et SCHÜLTZE, émules de CAVAILLÉ-COLL, au goût du jour : de classique, il devient romantique.

En 1936, avec le retour aux maîtres anciens qui nécessite la réintégration dans la palette sonore des jeux propres et indispensables à l’exécution de leurs œuvres, André MARCHAL et Norbert DUFOURCQ élaborent un plan de refonte du grand orgue. Cette restauration effectuée par Victor GONZALEZ a également rétabli le positif et remplacé l’ancienne console en fenêtre par une console indépendante faisant face à l’autel.